Эндонуклеаза IV из E. coli (Endo IV) распознает апуриновые / апиримидиновые (AP) сайты dsDNA и расщепляет фосфодиэфирную связь 5 'с поражением, генерирующим гидроксильную группу на 3'-конце. Фермент также может действовать как 3'-диэстераза, которая способна высвобождать 3'-фосфогликолят или 3'-фосфат из поврежденных концов dsDNA. Endo IV обладает также 3'-5'-экзонуклеазной активностью. Его прогрессирование на подложках чувствительно к ионной силе, ионам металлов, ЭДТА и условиям восстановления. Субстраты с 3'-утопленными концами являются предпочтительными субстратами для 3'-5'-экзонуклеазной активности.